【工具推荐】FlashDeconv：高性能空间转录组细胞类型反卷积工具

[cafferychen777]

工具名称

FlashDeconv

工具类型

• 类型：空间转录组学分析工具
• GitHub：https://github.com/cafferychen777/flashdeconv
• 预印本：https://doi.org/10.64898/2025.12.22.696108

推荐理由

FlashDeconv 是一款高性能的空间转录组细胞类型反卷积工具，采用结构保持随机化草图（structure-preserving randomized sketching）技术。主要特点：

1. 超高性能：线性 O(N) 时间复杂度，可在约3分钟内处理100万个spots
2. 精准高效：与现有方法精度相当，但速度提升几个数量级
3. 专为新一代高分辨率平台设计：如 Visium HD 和 Stereo-seq
4. Scanpy 风格 API：提供 fd.tl.deconvolve() 接口，易于与 scverse 生态系统集成
5. Python 包已发布：可通过 pip install flashdeconv 安装

随着 Visium HD 等高分辨率空间转录组技术的普及，现有的反卷积方法面临严重的计算瓶颈。FlashDeconv 通过创新的数学方法解决了这一挑战，为大规模空间转录组分析提供了实用的解决方案。

相关链接

• Paper: Yang et al. 2025, bioRxiv
• GitHub: https://github.com/cafferychen777/flashdeconv
• PyPI: https://pypi.org/project/flashdeconv/

感谢考虑！